Celem ochrony w rezerwacie są cenne zasoby przyrodnicze zalewowej niziny nadmorskiej i naturalne procesy kształtujące brzeg morski w rejonie ujścia rzek: Redy i Zagórskiej Strugi, które są najważniejszymi ciekami w granicach rezerwatu.
W rezerwacie Beka zidentyfikowano 12 siedlisk przyrodniczych chronionych mocą Dyrektywy Siedliskowej. Są to m.in.: solniska nadmorskie (słonawa i szuwar halofilny), łąki trzęślicowe (tutaj łąki sitowo-trzęślicowe), torfowiska zasadowe o charakterze młak, turzycowisk i mechowisk, kidzina na brzegu morskim, ujścia rzek.
Wśród regularnie spotykanych w rezerwacie gatunków ptaków 30 jest wskazanych do ochrony w Załączniku I Dyrektywy Ptasiej. Są to zarówno ptaki lęgowe, jak i te, dla których Beka jest ważnym miejscem postoju w czasie migracji wiosennych i jesiennych. Na przybrzeżnych wodach Zatoki Puckiej gromadzą się wielogatunkowe stada ptaków wodnych zimujących na południowym Bałtyku. Poza tym na terenie rezerwatu występuje 7 gatunków innych zwierząt chronionych prawem unijnym, w tym ryby z grupy ryb dwuśrodowiskowych i minogi.

Nadmorski Park Krajobrazowy został powołany w 1978 roku jako jeden z pierwszych parków krajobrazowych w Polsce. Ponad połowa powierzchni tego parku to wody Zatoki Puckiej Wewnętrznej, która jest oddzielona od reszty akwenu Zatoki piaszczystym, podłużnym wypłyceniem, zwanym Ryfem Mew. Część lądowa parku obejmuje całość Półwyspu Helskiego oraz wąski pas wybrzeża morskiego, ciągnący się od Białogóry do Władysławowa wraz z obszarem Karwieńskich Błot. Na południe od Władysławowa granica parku obejmuje przymorskie fragmenty Kępy Swarzewskiej i Puckiej, pradolinnych obniżeń Płutnicy i Redy do miejscowości Mechelinki. To właśnie w części południowej park obejmuje swoimi granicami rezerwat przyrody Beka.
Ze względu na szczególne walory przyrodnicze rezerwat Beka został włączony do Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000 jako część dwóch ostoi: obszaru specjalnej ochrony ptaków (ostoja ptasia) – Zatoka Pucka PLB220005 oraz specjalnego obszaru ochrony siedlisk (ostoja siedliskowa) – Zatoka Pucka i Półwysep Helski PLH220032.
Obszar Natura 2000 Zatoka Pucka PLB220005 obejmuje wody zachodniej części Zatoki Gdańskiej, pomiędzy wybrzeżem Półwyspu Helskiego ma północy, wybrzeżem od Władysławowa do ujścia Wisły Śmiałej na zachodzie i południu oraz linią wyznaczoną pomiędzy ujściem Wisły Śmiałej a końcem Półwyspu Helskiego od strony wschodniej. Obszar „Pucyfiku”, jak żartobliwie nazywana jest Zatoka Pucka przez mieszkańców tej części wybrzeża, jest w większości stosunkowo płytki. Położony jest na szlaku migracyjnym wielu grup ptaków, przez co stanowi ważną ostoję dla gatunków wędrownych i zimujących. Szczególne znaczenie ma dla ptaków wodno-błotnych, które występują tu najliczniej: czernica, lodówka, krzyżówka, głowienka, ogorzałka, gągoł czy nurogęś. Licznie tu także: kormorany, perkozy, łabędzie niemy i krzykliwy, łyski, mewy. Przylegające do Zatoki nadmorskie łąki są miejscem odpoczynku dla licznych stad gęsi: gęgawy i białoczelnej oraz żurawi. Łąki te są też cennym lęgowiskiem dla siewkowców, m.in. czajki i krwawodzioba.

Ostoja siedliskowa Zatoka Pucka i Półwysep Helski PLH220032 jest ważna dla zachowania dużej, płytkiej zatoki morskiej – jedynego takiego miejsca w Polsce, wraz z szeregiem związanych z nią morskich i lądowych biotopów. Obszar ten wyróżnia duża różnorodność zbiorowisk roślinnych oraz występowanie rzadkich, często reliktowych, gatunków flory i fauny, związanych ze specyficznymi warunkami środowiska. Dno Zatoki pokrywają łąki podwodne, tworzone przez makroglony i rośliny naczyniowe: trawę morską, zamętnicę błotną i rdestnicę grzebieniastą. Takie zbiorowiska tworzą dogodne warunki dla wielu gatunków zwierząt morskich, zwłaszcza bezkręgowców (skorupiaków, ślimaków i wieloszczetów) oraz ryb.
Wśród lądowych zbiorowisk roślinnych wyróżniają się solniska nadmorskie, powstające pod wpływem regularnego zalewania słabo zasolonymi wodami morskimi. Gatunki tworzące te zbiorowiska to zazwyczaj niskie i średnie rośliny, które tworzą mozaikowate płaty, stanowiące cenne siedlisko lęgowe dla ptaków z grupy siewkowców.
Ostoja ta obejmuje ochroną dwa sztandarowe gatunki ssaków morskich, które regularnie pojawiają w wodach Zatoki – fokę szarą i morświna. Dla tego drugiego gatunku jest to najważniejsza ostoja w granicach polskich wód terytorialnych oraz obszar najczęstszych stwierdzeń.